唯一持ってる外付けCDドライブはカードタイプのパナソニック「KXL-808AN」。
持ってるノートPCもパナソニックなので、ノートのHDを出荷時状態に戻すリカバリCDでの再インストール時には問題なくCDドライブを認識しますが、Windowsのクリーンインストール時には認識しません。
標準のインストール用起動ディスクでは認識しないドライブでのインストールのために、起動ディスクを作ります。

まず「KXL-808AN」に付属されてるドライバFDを見てみます。
「DOS」というフォルダでドライバ本体を見つけました。
カード用のドライバ（ATAPIマネージャー）が「ATASMGR.SYS」「ATAS365.SYS」の２種類、CDドライブのドライバが「Kmesatcd.sys」の１種類入っています。
おまけに「Readme.txt」の中で「書式およびオプション」と題して
DEVICE=<ドライブ:><パス>ATASMGR.SYS [/PORT=<I/Oベースアドレス>][/INT=<IRQ番号(割り込み番号)>] [/BOFF]
DEVICE=<ドライブ:><パス>ATAS365.SYS [/PORT=<I/Oベースアドレス>][/MEM=<ベースセグメント>] [/I365RST]
などと言う書式の説明がありました。

次に標準のインストール用起動ディスクのコピーを取った上で中をのぞきます。
「Config.sys」をエディタで開くと、ちゃんと判りやすく[SETUP_CD]や[CD]とかの記載があります。
device=flashpt.sys
みたいな記述が10行以上並んでいますが、これが現状でサポートしているCDドライブのドライバです。
device=Kmesatcd.sys /D:PCMCIACD
の１行を入れ、実際に「Kmesatcd.sys」をコピーします。

あとはどちらのATAPIマネージャーが使えるのかですが、
私の知識では事前に判断するのは難しいので、とりあえず両方やってみました。
結果、記述して動いた方は「ATAS365.SYS」の方だったので最終的に「Config.sys」の[SETUP_CD]と[CD]の記述は
device=himem.sys /testmem:off
device=Atas365.sys /port=190 /mem=CE00 /I365RST
device=Kmesatcd.sys /D:PCMCIACD
となり、これで「KXL-808AN」からクリーンインストールできることとなりました。